Descubren 500 especies no conocidas que habitan en el intestino humano

genes

La pérdida de diversidad en obesidad y EII se produce en estos microorganismos. El objetivo ahora es tratar de recuperarlas y revertirlas con intervenciones nutricionales.

J.G.R. Barcelona | dmredaccion@diariomedico.com   |  07/07/2014 00:00

El primero de los trabajos publicados ayer en Nature Biotechnology identifica y ensambla los elementos genéticos y genómicos en muestras complejas metagenómicas sin usar genomas de referencia. Como ha precisado Francisco Guarner, “hemos secuenciado a la vez todos los genes del genoma de 396 individuos y, cuando quisimos identificar todo ese material, nos encontramos que muchos de estos genes no estaban en las bases de datos y, por tanto, no sabíamos con seguridad qué eran: apenas podíamos identificar bien entre un 10-20 por ciento de los datos, lo que era una limitación evidente”.

Por este motivo, prosigue el investigador, “definimos el nuevo concepto de coabundancia de grupos de genes, ya que, como los genes en la naturaleza no están nunca solos, teorizamos que podríamos identificar diferentes grupos de genes si pudiéramos ver cuáles van juntos en abundancia en muestras de distintos sujetos”.

De este modo, los investigadores de MetaHIT han descrito 741 especies metagenómicas (de más de 700 genes) en el intestino humano. “La mayoría son, probablemente, especies bacterianas y, a la hora de identificarlos, solamente 115 se pueden identificar correctamente, mientras que el resto no están en las bases de datos. Por lo tanto, hemos encontrado unas 500 especies no conocidas hasta ahora que viven en el intestino humano. La conclusión relevante es que hemos observado que la pérdida de diversidad en obesidad y en enfermedad inflamatoria intestinal (EII) se debe, sobre todo, a la pérdida de estas especies desconocidas”.

Tratamiento
El objetivo ahora, una vez descritas, es tratar de recuperarlas y revertirlas en pacientes con obesidad y enfermedad inflamatoria intestinal mediante intervenciones nutricionales, para lo que se están diseñando nuevos trabajos y buscando financiación europea.

El segundo artículo publicado ayer en Nature Biotechnology actualiza el primer catálogo realizado por el consorcio, basado en 2010 en 124 individuos europeos. Ahora, el grupo del Instituto Genómico de Pekín, integrado en MetaHIT, ha realizado un estudio con 340 individuos chinos, que junto a los datos de otros 760 con los que se completó MetaHIT y l40 del Proyecto Microbioma Humano ha permitido disponer de los datos de todos los genes presentes en aproximadamente 1.300 personas.

“Estos datos de individuos europeos, chinos y estadounidenses han permitido realizar un nuevo catálogo, buscando los genes no redundantes: en 2010 era un catálogo de 3.300.000 genes y ahora ha pasado a casi 10 millones de genes. Un aspecto muy interesante es que unos 300.000 están presentes en la mayoría de las personas, algo que ya habíamos observado en individuos europeos. Además hay otros 300.000 que pueden variar en casi 10 millones, con ciertas diferencias entre continentes. Con este nuevo catálogo ahora tenemos un instrumento de referencia más útil”, ha resumido Guarner.

Tras detectar estas 500 especies poco o mal conocidas que viven en el intestino humano, Guarner apuesta por recuperarlas mediante intervenciones nutricionales, o de fibras o de productos que abonen su crecimiento. No se descarta recuperarlas cultivándolas y reintroduciéndolas si alguna de ellas se consigue identificar o caracterizar, un trabajo a priori más complejo que la alimentación tradicional.

“Nos interesa mejorar la situación de los pacientes y por eso el trasplante fecal no parece adecuado, pese a que funcionó hace años en ratones: vimos que muchas bacterias se pueden recuperar en un trasplante de este tipo, pero hay también muchas bacterias indeseables. Y, precisamente, estas desconocidas son las más débiles, por lo que no se podrían trasplantar y las que sí se acabarían por trasplantar serían otras más agresivas”, ha diferenciado.

http://www.dmedicina.com/enfermedades/actualidad/descubren-500-especies-no-conocidas-habitan-intestino-humano

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Acerca de Joaquín Ponce

Enfermo de Crohn desde el año 1988
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